Tidlegare var kyrka i Arnafjord plassert på Flete, kor det framleis står at ein kyrkjegard. Kyrkja som stod der var sannsynlegvis oppført ein gong mellom år 1100 og 1200.
Kyrkja som stod på Flette var i bruk i ca 500 år fram til 17 mars 1645, då var siste gudstenesta der. Denne kyrkja vart riven etter at kyrkjebygget på Nese var ferdig.
I løpet av 1644 og i løpet av omlag eit år vart den første kyrkja som stod på Nese bygd, plassert der kyrkja står i dag. Det har ein kommen fram til ettersom første gudsteneste i kyrkjebygget på Nese står oppført søndagen etter siste gudsteneste på Flete.
Det vil seie at 25 mars 1645 var første gudsteneste i nybygd kyrkja på Nese. Det kyrkjebygget var i bruk i litt over 200 år, men på siste halvdel av 1800 -talet vart den kyrkja også for liten. Difor vart det søkt om og samla inn økonomiske midlar til nok ei ny kyrkje på Nese. Og det vart til den kyrkja som fortsatt står på Nese i Arnafjord i dag.
Denne kyrkje stod ferdig i 1880 og er ei langkyrkje.
I 1980 hadde kyrkje 100 års markering og i den samanheng vart det gidd ut eit lita bok om Arnafjord kyrkje. I frå den boka er her det eine kapitelet om når dei bygde kyrkja:
KYRKJA VERT BYGD,
Den 7. avgust 1879 vart det vedteke på eit soknestyremøte at ilandsetjing og køyring av materialar til kyrkja skulle skje så langt det var mogeleg ved husmenn og vidare ved leigd hjelp. Køyring av stein vedtok ein å få utført ved pliktarbeid.
I ein visitasmelding frå 27. oktober same året heiter det at kyrkja vil verta oppsett komande sumar, dvs. sumaren 1880.
P.g.a. det soknestyret uttalte på møtet 18. desember 1878,er det mykje rimeleg at kyrkja vart oppsett nesten 2 meter lenger mot sør og aust enn gamlekyrkja var. Det heiter fleire stader at kyrkja vart utvida og ombygd. Ho vart nok også flytta litt. I alle fall vart gamlekyrkja heilt nedriven før ein sette opp den nye. Dette hadde kanskje ikkje vore naudsynt om kyrkja hadde vorte bygd på same staden. I bygdabok 3 1 nemner Sivert Finnebotn på side 173 at det var harmeleg at dei laut riva den gamle kyrkja på Nese. Men viss dei skulle flytta kyrkja, var det turvande å riva gamlekyrkja.
Dei nytta opp att så mykje materialar som råd var, Det vert som tidlegare nemnd, fortalt at dei nådde så høgt som opp under vindaugo i nye kyrkja, Den sida som før var inn let ein no venda ut. Så under kledinga i nye-kyrkja kan ein finna mykje rosemaling frå gamle-kyrkja. Likeeins kan ein sjå gamal måling i kjellaren under koret og I sutaket og øvst i tårnet.
Vi kjenner lite til det som hende då kyrkja vart bygd. Eiliv Nese har fortalt at ein av byggjarane heldt på å øydeleggja seg. Han datt ned frå øvste sperrene, men greidde å gripa seg fast med ei hand, og vart hangande mellom himmel og jord. Det var temmeleg høgt ned. Mannen greidde å halda ut til dei fekk sett stige opp.
Johannes Gjertsen Sogndalsfjæren som leverte teikningar til kyrkja, var nok også med og bygde henne. Det er nemnd i formannskaps protokollen at han fekk eit sølvbeger som kosta 100 kroner som påskjøning frå kommunen jula 1880 (22.desember). Etter som eldre folk har sagt, var desse frå Arnafjord med og bygde: Ola Nissestad, Lars Lee, Per Engum og Karl Nese. Det var ein Korsvoll som var sjef.
Ei hending til har vi fått fortalt: Det var ein mann som ville sikra seg nokre materialar, som skulle brukast til kyrkja. Han gjekk ut kl. 3.30 om natta. Men heilt uventa kom det på denne tida ein kar heim frå nattelauperi. Han snikte seg bort til kyrkjegarden, og heiv ein leirball bort til han som var ved materialane, så han skvatt opp. Men då han ikkje såg nokon, roa han seg att. Då heiv den andre ein gong til. Denne gongen la mannen på sprang og sa: «Så får de få ha materialane dykkar sjølve då», Han trudde det var dei underjordiske som var på ferde.
Når det galdt finansieringa, tok del fyrst opp eit kortsiktig lån på 1000 kr, Seinare, den 31, desember 1879, søkte del om å få eit lån på 6000 kr, I Opplysningsvesenets fond, som stiftsdireksjonen hadde tilrådd, Men den 3, Januar 1881, sa prosten opp lånet på vegne av Arnafjord sokn, då det hadde lånt ein anna stad, hos Wallendahl. Seinare vart Wallendahl truleg kalla Wallendahl & Søn. For I «Anvisningsprotokoll for Arnefjord Kirkekasse», som går tilbake til 1899, er det nemnt at ein fekk rekning for nokre varer derilrå, Meir veit vi ikkje om den saka.
Det var folket i Arnafjord sjølv som måtte betala den nye kyrkja. Ein kan ut frå det prost Meyer skreiv, rekna med at kyrkja kosta omlag 8000 kr. Sidan det var 153 skulddalar i Arnafjord, medførte det omlag 52 kr. på kvar. Likevel var Arnafjord kyrkje utan gjeld i 1887.
Den 21. oktober 1880 vart kyrkja innvigd. Preiketeksten den dagen var over 2. Mos. 3,13-15. — Dei hadde fått ny kyrkje i Arnafjord, ei ljos og ven trekyrkje, stilrein og einfeld.
Ho sto fritt oppe frå sjøen omlag midt i soknet. 1. oktober 1918 vart «brandtakstforretning av 29. oktober 1880» referert såleis:
«Kirken er opført paa gnr. 64 bnr. 5 i Næse. Kirkegrunden eies som kirken av Arnefjord sognekommune. Det er en langskibskirke bygget av tømmer paa graasteins grundmur. Kirken har følgende dimensioner: Længde 20,6 m,hvor av skib 11,9, kor 5 m og forgang 3,7 m. Bredde 8,9 m for skibet, koret 5,25 m, forgang 4,5 m. Paa korets sydside er tilbygget sakresti 4 m 1. og 1.85 m br. Skibets høyde er 5,4 m til takgesimsen. Koret har samme høide, likesaa taarnets underbygning. Sakrestiets høide er 2,3 m. Kirken har hovudinngang gjennom dobbeldør, der has særskilt indgang gjennom sakrestiet til koret. Der er opført galleri tvers over kirkeskibets bredde med 3,4 meters fremspring fra venstre tvervæg».
